（一）税务机关作出征税决定的法律依据与解读
从税务机关的角度而言，法律依据主要包括以下四项：
（1）《企业所得税法》；
（2）《企业所得税法实施条例》；
（3）《财政部、国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号）；
（4）《国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税[2009]122号）。
1.长沙医学院是否是企业所得税的纳税人
作者经查询全国社会组织信用信息公示平台，长沙医学院成立于2002年，目前是“民办非企业单位”。根据《企业所得税法》和《企业所得税法实施条例》的规定，长沙医学院应属于“其他取得收入的组织”，是企业所得税的纳税人。而在湖南省教育厅公函中据以对标的“公办学校”，属于事业单位，也是企业所得税的纳税人。然而，是企业所得税的纳税人，不意味着所取得的收入都是企业所得税的应税收入。前者是评价纳税主体地位，后者是界定征税范围，不能混为一谈。
2.长沙医学院是否是税法意义上的非营利组织
根据《企业所得税法实施条例》第84条第1款规定，非营利组织应当在依法登记、从事活动、支出管理、分配制度、剩余财产用途、投入人控制权、薪酬制度等七个方面同时满足条件。长沙医学院已被民政部门认定为民办非企业单位。从现有资料看，长沙医学院如符合上述七项规定，应认定为税法意义上的“非营利组织”。
但第84条第2款又同时规定，“前款规定的非营利组织的认定管理办法由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定”。所以，仅满足《实施条例》规定的条件就加以认定，似乎又有些武断。后财税部门陆续出台了《财政部 国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2009〕123号，全文废止）、《财政部 国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2014〕13号，全文废止）和《财政部 国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税[2018]13号，现行有效）三个文件，并没有带“国务院有关部门”一起制定，而是出现了“抢跑”现象。不过，根据行政法权责统一的基本原则，涉税的资格认定职责理应由财税部门行使。所以，单从这一点否定上述三个《通知》的合法性，未免牵强。
3.非营利组织取得的“学费和住宿费”是否应当免税
争议条款①：《企业所得税法》第26条规定，“企业的下列收入为免税收入：（四）符合条件的非营利组织的收入。”实践中，此项规定容易引发歧义。从文义解释角度，有两种理解，一是主体条件论，即符合条件的非营利组织，取得的收入全部免税；二是主、客体条件论，即符合条件的非营利组织，取得的符合条件的收入免税。从后续的规范性文件来看，税法似乎采用了“主、客体条件论”的解释。
争议条款②：《企业所得税法实施条例》第85条规定，“企业所得税法第二十六条第（四）项所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入。”上述规定的争议在于，其又采用了消极列举的方式，明确了非营利组织哪些收入不能免税。这就似乎意味着非营利组织除“从事营利性活动取得的收入”，其余收入都可免税。实践中容易引发争议，反映了立法的不周延性。
争议条款③《财政部 国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税[2009]122号）规定，“ 一、非营利组织的下列收入为免税收入：
（一）接受其他单位或者个人捐赠的收入；
（二）除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；
（三）按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；
（四）不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；
（五）财政部、国家税务总局规定的其他收入。”
该文件采取正面列举的方式，界定了非营利组织取得何种收入可以免税的内涵。然而，对于第（五）项“其他收入”的保底条款，作者查阅了大量资料，并没有发现相应的规范性文件出台解释。因此，只能根据文件规定，认定长沙医学院作为非营利组织，若取得接受捐赠及政府补助收入等，属于企业所得税免税收入；而民办学校最常见的学费、住宿费、餐费、课本费、考试报名费等，以及向学生收取的校服费、赞助费、择校费等，则属于企业所得税的应税收入。可见该文件的出台，虽然解决了容易引发争议的《企业所得税法》第26条的多重解释问题，明确了即便主体已经具备了非营利组织的资质，不符合免税条件的收入也仍须纳税。但是，由于立法的保守考量，“其他收入”却又一次引发了争议。至于长沙医学院在申请中提出征税“找不到法律依据”、“法无授权不可为”，因法律没有规定对“学费和住宿费”征税，则应当免税，这在逻辑上是本末倒置的。从法理上说，对收入征税是原则，不征是例外。即法律没有明确排除不征税或免税的，则应当属于征税收入。这一点在《企业所得税》第3条的规定中，“居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税”，也得到很好的验证。第三稽查局回复长沙医学院称“你单位取得的学费住宿费收入既不属于企业所得税不征税收入，也不适用企业所得税免税规定，依法应当并入收入总额申报缴纳企业所得税”，也是依据于此。
当然，税务部门的做法也并非无懈可击。首先，财税[2009]122号文件是否符合上位法的精神，仍有待商榷。根据《税收征收管理法》的规定，对于税收的开停和减免退补，只能由法律和国务院的行政法规决定。由部门规章乃至规范性文件加以规定，有法律规范冲突之嫌。其次，财税[2009]122号文件，涉嫌缩小解释上位法“免税收入”的范围，加重行政相对人的负担。从法律逻辑来看，非营利组织取得的收入只有两类，一是营利性收入，二是非营利性收入。作为二分法的分类必然是完全覆盖的，恰似硬币的两面。而文件列举的五类收入，却并非涵盖了实务中可能出现的全部免税收入类型，会导致部分非营利性收入明明主体资格和收入性质都符合条件，却没有被纳入其中，反映出税收立法技术的粗糙，更引发了征纳双方的争议解读。
此外，本案还有诸多信息尚不清晰。如长沙医学院究竟是否提供了纳税担保，提供了何种形式的纳税担保？第三稽查局又为何不受理其提供的纳税担保，不受理纳税担保的事实理由是什么？本案是否经过听证程序？是否经过湖南省税务部门重大税务案件审理委员会审理？是否经过严格的检查程序和初审？对证据“三性”如何把握？以上关键事实对本案结论均有实质性影响，仅凭网络传闻无法确定其真实性，须待有关机关公开相关案情或法律文书后才能确认。
（二）长沙医学院请求享受免税待遇的法律依据与解读
长沙医学院在其公开信中提及，“根据教育部2021年7月18日函，非营利民办学校与公办学校应享受同样的税收优惠政策。”2021年5月19日，湖南省教育厅的公函也提及，“认为长沙医学院应当与公办学校一样，享受免征学费收入企业所得税的优惠政策。”不过作者认为，引发税企争议的最大根源，其实来自《民办教育促进法》第47条的规定，“民办学校享受国家规定的税收优惠政策；其中，非营利性民办学校享受与公办学校同等的税收优惠政策。”毋庸置疑，既然是税收优惠，就应当一视同仁。公办学校能享受，民办学校一样应当享受。问题出现在，“税收优惠政策”究竟该如何界定？
1.公办学校无须缴纳所得税的“待遇”，是否是税收优惠
首先要厘清两个企业所得税法上的概念，“不征税收入”和“免税收入”。对收入征税是税收法定的原则，然而，这个原则也有例外——不征税收入。从立法上讲，不征税收入是与征税收入相对的，一般不属于营利性活动带来的经济利益，是专门从事特定目的的收入，应永久不被列入征税范围。其先天具有不被征税的基因，不属于税收优惠的范畴。免税收入，其本应列入征税范围，是国家为了实现某些经济和社会目标，在特定时期或对特定项目取得的经济利益给予的税收优惠政策，在一定时期有可能恢复征税。换言之，不征税收入是永久的，而免税收入则是暂时的。
根据《企业所得税法》的规定，依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金属不征税收入。作者经查询中国政府网－全国性及中央部门和单位行政事业性收费目录清单，“高等学校（含科研院所、各级党校等）学费、住宿费、委托培养费、函大电大夜大及短期培训费，缴入中央和地方财政专户，是行政事业性收费。”（项目序号7，政策依据《教育法》《高等教育法》等）。这就意味着，公办学校的学费、住宿费等行政事业性收费，其本就不该被纳入征税范畴，与民办学校的学费、住宿费等从税收属性上讲完全不同。从这个角度讲，公办学校学费、住宿费无须缴税，并不是享受了税收优惠所致；非营利民办学校的学费、住宿费收入须缴税，因其并不是不征税收入，也不符合财税[2009]122号规定的免税收入的条件。这与《民办教育促进法》中“非营利性民办学校享受与公办学校同等的税收优惠政策”的法律规定并不冲突。
2.未办理非营利性组织免税资格认定，是否影响其享受免税优惠
《财政部 税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号 ）第2条规定，“凡符合规定条件的非营利性组织，应向其登记管理机关所在地的同级税务主管机关提出免税资格申请。”
实践中，非营利性组织免税资格认定，是其享受《企业所得税法》第26条和《企业所得税法实施条例》第84条免税收入待遇的必备程序要件。但不办理免税申请，是否一定影响其享受免税，现行法律尚有讨论空间。一方面，实质课税、实质重于形式是税法的重要原则，不应当以非营利组织没有提出免税资格申请—这种管理上的形式要件，来对抗其应享受免税优惠的实体权利。另一方面，财税〔2018〕13号文件作为规范性文件，法律位阶较低，若制定负担性行政行为规范，也不能剥夺《企业所得税法》和《企业所得税法实施条例》授予纳税人的免税优惠权利。
